Le specie animali che hanno abitato il Vulture non sono state sempre le stesse. Il clima e la presenza dell’uomo sono stati decisivi nella composizione della fauna locale. Il venosino Orazio ci ricorda come da questa provincia romana provenissero molti degli orsi utilizzati durante gli spettacoli nei circhi di Roma (Odi, 3, 4, vv 9-19). L’ultimo orso, secondo lo storico Giustino Fortunato, fu ucciso, intorno la metà del Seicento, da un conte di Casa Sanseverino. Lo stesso autore segnala ancora la presenza del capriolo all’inizio del Novecento.
Anche la nidificazione dell’Aquila reale era abituale nel Vulture. Numerose testimonianze la riportano, in un passato non molto lontano, proprio sulle rupi a picco sul Lago Piccolo e sovrastanti il convento di san Michele Arcangelo. Cervi, caprioli e cinghiali (il Lucanus aper dei latini) erano abbondanti e perciò cacciati da vere e proprie spedizioni, spesso organizzate per dar diletto ai re e alle loro corti.
L’imperatore Federico II percorreva lungamente i boschi del Vulture e le sue alterne radure per catturare falchi da addestrare alla caccia, passione per lui irresistibile. Stupor mundi, col suo trattato De arte venandi cum avibus, realizza uno tra i più antichi e dettagliati tomi a tema ornitologico, di sicuro ispirato dal suo luogo prediletto tra i loca solatiorum: il Monte Vulture.
Ancor oggi la montagna è ricca di rapaci e di moltissime altre specie ornitologiche protette (Allegato I della Direttiva 79/409/CEE e della Direttiva 2009/147/CE): Gufo reale (Bubo bubo), Picchio rosso mezzano (Dendrocopos medius), Nibbio bruno (Milvus migrans), Nibbio reale (Milvus milvus), Falco pecchiaiolo (Pernis apivorus), Martin pescatore (Alcedo atthis).
A queste specie si aggiungono molte altre specie di uccelli inserite nell’Appendice II della Convenzione di Berna: il Gheppio (Falco tinnunculus), il Torcicollo (Jynx torquilla), il Rondone comune (Apus apus), il Barbagianni (Tyto alba), l’Assiolo (Otus scops), la Civetta (Athene noctua), il Gufo comune (Asio otus), la Ballerina bianca (Motacilla alba), lo Scricciolo (Troglodytes troglodytes), il Pettirosso (Erithacus rubecula), il Codirosso spazzacamino (Phoenicurus ochruros), il Codirosso (Phoenicurus phoenicurus), l’Usignolo di fiume (Cettia cetti), l’Occhiocotto (Sylvia melanocephala), la Capinera (Sylvia atricapilla), il Luì piccolo (Phylloscopus collybita), il Codibugnolo (Aegithalos caudatus), la Cinciarella (Parus caeruleus), la Cinciallegra (Parus major), il Rampichino (Certhia brachydactyla), il Verzellino (Serinus serinus), il Verdone (Carduelis chloris), lo Strillozzo (Miliaria calandra).
Tra i mammiferi elencati nella Direttiva 92/43/CEE sono segnalati nel Vulture: il Rinofolo minore (Rhinolophus hipposideros), il Vespertillo maggiore (Myotis myotis), la Lontra (Lutra lutra) (Allegato I);. il lupo appenninico (Canis lupus) (Allegati B e D); il gatto selvatico (Felis silvestris), (Allegato II).
Inoltre, lungo le sponde dei corsi d’acqua sono presenti anfibi e rettili elencati nella Direttiva “Habitat” 92/43/CEE: il Tritone crestato italiano (Triturus carnifex) e la Salamandrina dagli occhiali meridionale (Salamandrina terdigitata) inserite anche in altre convenzioni internazionali (Convenzione di Berna, Allegato II; nelle categorie di minaccia di estinzione previste dalla IUCN sono inserite nel livello Least Concern); il Ramarro (Lacerta bilineata) in elenco anche nella Convenzione di Berna, Allegato III; il Tritone italiano (Lissotriton italicus); l’Ululòne appenninico (Bombina pachypus), in elenco anche nella Convenzione di Berna, Allegato II; dalla IUCN inserita nel livello Endangered).